故事發生在天保14年的江戶。當時在老中·水野忠邦實施的財政緊縮政策之下的老百姓生活在極度困扃中。國內政府的壓迫，加上外國殖民者入侵的威脅，在江戶的大街小巷中彌漫著一種不安的氣氛。 在不為世人所知的地下，存在著一個秘密的神社。這個神社表面上對外稱是對外國傳入的學術文化進行研究調查的蠻社改所，而實際上則是專門對付各國潛入日本的妖夷，并負責將他們秘密抹殺的政府隱蔽機關。 該組織的頭目名為小笠原放三郎，是個醉心于“蘭學”，并極力證明其實用性的學者。然而卻不得不聽從南町奉行·鳥居耀藏的差遣。 小笠原雖然沒有了得的身手，但卻與有著能將漢字中蘊藏..